Prom kosmiczny Atlantis został wyposażony w nowy, bezpieczniejszy silnik. Instalacji dokonano 24 kwietnia w Centrum Kosmicznym im. Kennedyego na Florydzie. Nowy silnik zostanie wykorzystany już podczas najbliższego lotu.

Unowocześniony silnik główny bloku 2, zostanie użyty wraz z dwoma silnikami głównymi bloku 2A już 14 czerwca podczas misji STS-104.

Nowy silnik zawiera między innymi nową wysokociśnieniową pompę paliwową firmy Pratt & Whitney. Nowa pompa jest bardziej wytrzymała i powinna doprowadzić do zwiększenia liczby lotów pomiędzy remontami generalnymi. Co prawda waży ona o 135 kilogramów więcej, ale jej wpływ na znaczne zwiększenie bezpieczeństwa lotu jest nieoceniony.

Wcześniejsze modyfikacje głównych silników wahadłowca obejmowały w roku 1995 blok 1 (gdzie choćby unowocześniono wysokociśnieniową pompę ciekłego tlenu) i w 1998 blok 2A (powiększono przede wszystkim komorę spalania).

Nowy silnik pracuje przez osiem i pół minuty od momentu odpalenia. Ma do czynienia z temperaturami rzędu -217 stopni Celsjusza (w takiej temperaturze dociera do silnika ciekłe paliwo wodorowe) i rzędu 3300 stopni Celsjusza (temperatury po spaleniu ciekłego wodoru i tlenu, w tej temperaturze stal wrze).