Podczas skomplikowanej drogi i manewrów sondy CONTOUR kierować nią będą eksperci z JPL. Minimum dwie komety, do jakich ma zbliżyć się sonda, stanowią nie lada wyzwanie dla nawigatorów.
CONTOUR odbędzie 15-miesięczną podróż do komety Encke, a następnie trwający 2 i pół roku lotu do kolejnej komety – Schwassmann-Wachmann 3. Pierwsza z komet jest ciałem starszym, mniej aktywnym niż młode, otoczone pyłem jądro komety Schwassmann-Wachmann 3. Różne typy komet to dodatkowe wyzwanie dla kierujących lotem sondy.
Do komety Encke CONTOUR zbliży się na 10 minut, lecąc bardzo blisko a zarazem szybko. Zespół nawigatorów z JPL, pod kierownictwem Tony’ego Taylora, musi zrobić wszystko, aby utrzymać 10-minutowe zbliżenie, podczas którego osłoniona tarczami sonda CONTOUR będzie z odległości około 100 km zbierała dane o budowie jądra komety. Z kolei druga kometa – ze względu na obecność dużych ilości pyłu wyrzucanego z jej jądra – będzie obserwowana z nieco większej odległości aby uniknąć trafienia sondy większym odłamkiem materii. CONTOUR zbliży się do komet w momencie ich maksymalnej aktywności. W tym samym czasie będą prowadzone obserwacje z Ziemi.
Zespół nawigatorów poprowadzi sondę CONTOUR przez złożoną orbitę. Na początku sonda spędzi 6 tygodni na orbicie okołoziemskiej. Po tym czasie zostanie skierowana w stronę pierwszej z komet. Jednym z nawigatorów jest doktor Bobby Williams, który w lutym 2001 kierował zespołem przeprowadzającym NEAR już na Erosie!„>lądowanie sondy NEAR na powierzchni planetoidy Eros. Według niego, lot CONTOURa to jak dwa starty, pierwszy z Ziemi i drugi z orbity.
Misja CONTOUR jest zaprojektowana w sposób elastyczny – pojazd może zostać przekierowany aby zbadać niespodziewanego gościa-kometę. Jeśli jakaś nowa kometa pojawi się w zasięgu sondy, naukowcy z JHU?APL mogą określić nową trajektorię oraz ilość niezbędnego paliwa.
Rolą Laboratorium Napędów Odrzutowych (JPL) poza nawigacją będzie zapewnienie łączności za pośrednictwem anten Deep Space Network.
Anteny tego typu (o średnicy 70 metrów) używane są do komunikowania się ze statkami kosmicznymi znajdującymi się w różnych częściach Układu Słonecznego.
