Stając twarzą w twarz z ograniczeniami swoich budżetów przeznaczonych na finansowanie badań naukowych przestrzeni kosmicznej, w połowie grudnia NASA podjęła niespodziewanie decyzję o zakończeniu wraz z 1 stycznia 2002 roku finansowania obserwacji radarowych prowadzonych w Obserwatorium Arecibo. Obserwacje te kosztują rocznie około 550 000 USD. Po upływie tygodnia agencja równie nieoczekiwanie zmieniła swój wizerunek optując za przyznaniem kwoty 400 000 USD do końca roku finansowego 2002. Ostatecznie obserwatorium otrzymało pieniądze.

„Popełniliśmy błąd” – powiedział Edward Weiler kierujący działalnością NASA w zakresie badań przestrzeni kosmicznej – „i naprawiliśmy go„.

Ostateczne oświadczenie Centrali NASA wiąże się z faktem uznania programu badań realizowanych w Arecibo jako części działalności NASA mającej na celu znalezienie i skatalogowanie asteroidów krążących blisko Ziemi (ang. Near-Earth Objects – NEO), a stanowiących dla niej potencjalne zagrożenie (Kongres USA zobowiązał NASA do wyśledzenia przed rokiem 2008 90% wszystkich asteroidów o rozmiarach 1 kilometra, których trajektorie przecinają orbitę Ziemi).

Instalacja w Arecibo nie służy jednak do poszukiwań asteroidów — astronomowie używają tego radioteleskopu do prowadzenia obserwacji obiektów już odkrytych za pomocą innych teleskopów, głównie optycznych. Thomas Morgan kierujący realizowanym przez NASA programem NEO chce maksymalnego zwiększenia częstości odkrywania nowych asteroidów i aby to osiągnąć musi skierować większą część z 3,55 milionów USD swojego budżetu do czterech zespołów obserwacyjnych prowadzących aktywne poszukiwania dla programu NEO.

Decyzja o zakończeniu finansowania została przyjęta z niedowierzaniem wśród poszukiwaczy asteroidów i wywołała szereg wniosków organizacji astronomicznych o jej ponowne rozważenie. Arecibo było na pierwszej linii obserwacji radarowych od roku 1960, a jego silny, megawatowy nadajnik był rutynowo kierowany przez astronomów na Księżyc, Wenus, Merkurego i satelity galileuszowe Jowisza. NASA z kolei, prowadzi ograniczone obserwacje radarowe za pomocą 70-metrowej anteny śledzącej znajdującej się niedaleko Goldstone w Kalifornii. Antena w Arecibo pyszni się jednak silniejszym nadajnikiem i co najmniej 10-krotnie lepszą zdolnością do odbierania słabiutkich ech radarowych.

Naukowcy byli zatem pełni obaw o utratę ich najlepszego naziemnego instrumentu umożliwiającego obserwacje powierzchni asteroidów i dokładniejsze ustalanie ich orbit. Te cechy mają znaczenie nie tylko czysto naukowe: dla zorganizowania stategii obrony przed odkrytym przez astronomów asteroidem znajdującym się na kolizyjnym kursie z Ziemią, kluczowe znaczenie ma wiedza o kształcie tego obiektu i znajmość jego dokładnej trajektorii. Arecibo jest „najlepszą instalacją do prowadzenia badań naukowych na świecie w takim zakresie” – stwierdza Eric Asphaug z University of California w Santa Cruz. Za jej pomocą można obserwować szerokie spektrum asteroidów i komet podczas gdy sondy kosmiczne odwiedziły ja dotąd niewiele takich obiektów.

Pomimo, że finansowanie programu realizowanego w Arecibo jest zabezpieczone (choć w uszczuplonym zakresie) do końca roku finansowego 2002, wciąż jednak Obserwatorium staje wobec wyzwań finansowych w nadchodzących latach. Weiler zażądał jedynie, aby propozycje przyszłych projektów badań zakładające wykorzystanie systemu radarowego Arecibo rozpatrywać indywidualnie. Ostatecznie chciałby również aby odpowiedzialność za grupę obserwacji radarowych kierowaną przez Donalda Campbella z Cornell University została przejęta przez Narodową Fundację Nauki (ang. National Science Foundation – NSF), która już teraz każdego roku przyznaje 9,5 miliona USD na koszty funkcjonowania Obserwatorium Arecibo.